En los últimos años se han desarrollado nuevas técnicas moleculares de tipificación basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que han supuesto un importante avance en el estudio de las enfermedades infecciosas.

La técnica gold-estándar para la identificación bacteriana o fúngica es la secuenciación de regiones de DNA con la suficiente variabilidad como para discriminar una especie de otra. Entre los segmentos más comúnmente amplificados y posteriormente secuenciados se encuentran los genes ribosomales (16S en el caso de procariotas y 18S en el caso de eucariotas), los espacios entre el conjunto de genes ribosomales (espacios intergénicos IGS) y los espacios internos transcritos (ITS) del conjunto de genes ribosomales.

Cuando los microorganismos a estudiar se encuentran altamente relacionados se realizan estudios filogenéticos basados, además de en las técnicas anteriores, en otras técnicas moleculares como son aquellas basadas en la amplificación de varios genes (Multi-locus) o de fragmentos repetidos no codificantes (REP-PCR).

El genotipado de determinados virus nos puede guiar acerca del tratamiento a seguir (p.ej: HCV) o el riesgo de padecer lesiones precancerosas como en el caso del HPV.
En CIALAB realizamos la identificación molecular de los siguientes microorganismos: