Existen numerosos fármacos dirigidos a evitar tanto la infección, como la progresión del ciclo vital del virus. Dichos fármacos se clasifican según la proteína a la que van dirigidos. En general, y dada la alta tasa de resistencias, está indicado el uso combinado de fármacos de diferentes grupos (politerapia), en lo que se viene llamando TARGA: Terapia AntirRetroviral de Gran Actividad.
Ninguno de estos fármacos ha mostrado ser efectivo por separado y, de hecho, uno de los más comunes, el llamado AZT, es altamente tóxico. El AZT por sí solo no puede destruir directamente el virus; lo que hace este fármaco es inhibir la enzima transcriptasa inversa, con lo que impide que el RNA del Virus se copie hacia cDNA bicatenario y, por consiguiente, evitar que se genere un provirus. Administrado de forma aislada, es decir, sin ser combinado con los otros medicamentos que componen el TARGA, puede incrementar las mutaciones en el virus que lo hagan más resistente y agresivo, anulando su eficacia terapéutica y acelerando el progreso de la enfermedad. Este riesgo disminuye notablemente cuando se combina con los otros medicamentos de la politerapia. Por ello es necesario determinar las resistencias que presenta el virus a los fármacos administrados.

En CIALAB ofertamos la determinación de resistencias a los inhibidores de la proteasa y de la transcriptasa, mediante secuenciación de los nucleótidos 1 a 99 y 1 a 345 de sus respectivos genes, donde se encuentran todas las mutaciones de interés. También para la terapéutica con moléculas cuya diana de acción es inhibir la integrasa del virus (p. ej. Raltegravir -IsentressR-), o impedir la fusión de la envoltura el virus -gp41- con el receptor celular (inhibidores de fusión, p. ej. Enfuvirtide -FuzeonR).

El uso del antagonista del correceptor de CCR5 (Maraviroc -CelsentriR-), requiere conocer el tipo de quasispecie de virus mayoritaria, para saber si el paciente posee la quasispecie R5 (tropismo por CCR5) o la quasispecie X4 (tropismo por CXCR4). Para conocer el tropismo del VIH se realiza la secuenciación del epítopo V3 de la glucoproteína de envoltura gp120. A partir de la secuencia obtenida de V3, con el uso de 6 herramientas bioinformáticas -Algoritmos C4.5, PART, SVM, Charge Rule, PSSM y Geno2pheno-, se determina con bastante sensibilidad y especificidad el tropismo de la quasispecie mayoritaria y si el paciente posee la quasispecie R5 (tropismo CCR5) o la X4 (tropismo CXCR4).